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本濕地在花蓮溪左岸部分種植有水稻，其餘為臨時性旱田，種植玉米、蕃薯、花生、甘蔗等，河床沙洲與高灘地除甜根子草和茵蔯蒿等雜草外，不受潮汐影響的地點新闢為西瓜田，與木瓜溪匯流處則有採砂場。近年來蓄牧業和水產養殖亦甚發達。

沿台11線過花蓮大橋後溪口右岸為海岸山脈，有東海岸風景特定區管理處設置之花蓮溪口自然保護區，惟臨溪側有砂石運輸便道，塵土飛揚，並有違建和棄土或垃圾堆置，行至海口岸邊則有消波塊形成的高牆。

歷史風華

花蓮溪南岸領頂地區，1988年間在山下平緩的海岸坡地上發現一處新石器時代晚期花岡山文化遺址，由出土遺物研判，在此定居之史前人類使用打剝琢磨製造的石器，除農耕外先民也打漁和狩獵。

溪口附近國姓廟供奉海上漂來的木神像一尊，上方小祠，地方民眾則供奉視為神物之大石一塊。

花蓮溪口係傳統阿美族的捕魚地點，鄰近有阿美族人的里漏部落、仁安部落。至今該族人仍有相關的祭典活動，例如:每年6月初吉安鄉阿美族原住民會舉行海祭「希高娃賽」的捕魚和傳統競賽祭典。

冬季鰻苗洄游的夜裡，經常可見於溪口捕撈鰻苗的民眾。夏季時溪口常有地方民眾和遊人來此戲水、衝浪、海釣。

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不同於我們過去對食物鏈的認知，濕地上的綠色植物並非透過被動物直接啃食將能量傳遞下去，而是藉由泥中或水中的細菌將枯枝落葉分解後，才被動物消化 吸收。我們稱之為「碎屑式食物鏈」(detritus food chain)，有別於所謂的「啃食性食物鏈」(Grazingfood chain)。

分解後的有機碎屑會被泥土內的食底泥動物所吸收，這些生物又會被更高層的消費者，如魚和鳥所捕捉，而未被吸收的碎屑則向下滲透至表層2-4公分以下 的無氧層，繼續被厭氧菌所分解。除了供應生長在濕地上的生物外，這些有機碎屑也會隨著潮水被帶到附近的海域，吸引許多魚、蝦、貝、蟹前來覓食與繁殖，這也是為什麼濕地與近洋漁業有著密不可分的關係。而這些生活在濕地上的底泥生物與蝦蟹類，更成為每年候鳥重要的食物來源。

自然生態

花蓮溪為花蓮第二大河川及台灣本島主要河川之一，花蓮溪口濕地則位處海岸山脈和新莊泰山阿囉哈led總匯大批發與花蓮溪之交會口，即所謂生態交會帶，擁有豐富的動植物及地質資源。

植物分布

依據花蓮野鳥學會的生態調查，本區植物有77科229種，其中蕨類6科8種，裸子植物2科2種，雙子植物51科160種，單子葉植物18科59種，但因近年來每遇颱風河口掏蝕嚴重，加上人為土地使用變遷，使植被的改變亦頗大。據民國98年的生態環境調查資料顯示，溪口附近除旱田外，臨溪岸有木麻黃、黃槿、銀合歡、五節芒、根子草、長柄菊、天藍苜蓿等，近海口處則分佈有天蓬草舅、雙花蟛蜞菊、馬鞍藤、濱刀豆、林投、草海桐、茵蔯蒿、乾溝飄拂草、芻蕾草、苦林盤等植物。阿美文化村旁水草澤與出海口區已發展成濕地植物群落，植物主要為水燭和大水莞為優勢。但出海口淡鹹水交會的濕地區已經陸化，僅颱風大雨過後會積水，較之1999年當地時有淺水並有沉水和浮水植物覆蓋的情況，已大相逕庭，顯見該濕地近年來環境變遷劇烈。

動物分布

依據花蓮野鳥學會的調查資料，在本濕地活動的鳥類有43科170種，其中包括瀕臨絕種的鳥種唐白鷺、黑面琵鷺等；1999年時，認定花蓮溪出海口為台灣的重要野鳥棲地之一。

魚類有13科43種魚類，其中有25種為洄游或河口魚類，迴游性魚類資源相當豐富。蝦類2科3屬7種，蟹類有3科3屬3種，其中下游河口以沼蝦及字紋弓蟹為主。每年11月，可見字紋弓蟹幼蟹大軍由海水登陸淡水溪流的壯觀場面。

濕地瀕臨絕種的物種：黑面琵鷺

珍貴稀有的物種：唐白鷺、花臉鴨、環頸雉、小燕鷗、烏頭翁